生物素与亲和素结合的能力PKa在十的十五次方以上，且他们两个的结合能力很强，而且酸、碱、变性剂、蛋白溶解酶以及有机溶剂均不影响其结合。我觉得：你要考虑的不是有机试剂破化他们结合，而是你的衍生小分子是溶于有机试剂的，会不会有影响。另外可以告诉你怎么可以断裂生物素和链霉亲和素之间化学键：1、将复合物置入PH=8.2、含95％甲酰氨的10 mM EDTA中 65°C孵育5分钟或90°C孵育2分钟，超过96%生物素化DNA片段均可被特异地分离。2、可将与磁珠相连的固化靶分子置于0.1%SDS中煮沸5分钟。
