三苯基氯甲烷是一种白色固体，具有刺激性。它可以溶于大多数有机溶剂，并在特定溶剂中重结晶。为了保持其稳定性，需要在阴凉干燥处密封保存。遇强碱及强氧化剂时会发生分解，并产生有毒的氯化氢气体。
三苯基氯甲烷主要用于胺、羧酸、醇以及硫醇的保护。由于其空间位阻较大，具有较好的选择性。
三苯基氯甲烷可以用于伯醇的保护，转化为三苯基甲基醚。三苯基甲基醚在中性和碱性条件下稳定，在弱酸性条件下容易脱除。它具有良好的空间效应和亲脂性，因此在许多领域有广泛的应用。在仲醇的存在下，伯醇可以与三苯基氯甲烷选择性地反应。
对于仲醇的三苯基甲基醚制备，常使用催化剂如二甲基氨基吡啶(DMAP)。该反应条件温和，后处理简单，具有较好的区域选择性。
三苯基氯甲烷也可用于苯酚的保护。在碱性二氯甲烷溶液中回流，可以选择性地保护空间位阻较小的酚羟基。
三苯基氯甲烷还可用于炔丙基醇的保护，防止脱去相邻质子形成丙二烯。
在天然产物的全合成、糖类、核苷和多肽化学中，常使用三苯甲基硫醚或杂环S-保护的形式保护硫醇。硫醇的保护与醇的保护类似，但反应性更强。
三苯基氯甲烷也常用于对伯胺、仲胺和杂环氨基的保护。脱保护基常使用TFA、AcOH或HCl。由于三苯基氯甲烷的空间位阻较大，因此对氨基进行选择性保护。
将芳基腈与叠氮三甲基锡反应后，再加入三苯基氯甲烷，可以得到三苯基甲基化的四唑。
当三苯基氯甲烷不作为保护基使用时，它可以与环状缩醛反应生成开环产物。
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