真核生物膜蛋白的互作蛋白用酵母双杂交合适吗?

1. 酵母双杂交系统的原理也许大家都明白了，不清楚的网友可以在线搜索，网上有大量这方面的资料，这里不再赘述。弄清了该系统的原理后，我想，首先该将“酵母双杂交”更名为“酵母双杂合”了，这样的翻译更合理，因为该系统的核心就是两个融合蛋白载体的构建（Gal4-BD-X和Gal4-AD-Y），酵母双杂合这一名称准确的反映了这一系统的核心内容，同时也避免了与通常的分子杂交概念中的“杂交”相混淆。只是现在木已成舟，就让它成为一个笑谈吧！2. 用酵母双杂交系统研究膜蛋白的相互作用是完全可以的，但需辅以其他方法加以验证。有不少研究者在研究膜信号转导蛋白时，就是用Yeast，two-hybrid 钓出新蛋白的！并且发表在CNS（Cell，Nature，Science）。需要强调的是：钓出的新蛋白是否确实与目的蛋白直接相互作用，需要进一步用体外生化方法和细胞内研究策略一一排除和证实3. GST Pull-down 可以用来钓相互作用蛋白，但从GST-bead 洗脱下来的是蛋白质，接下来需要进行Masspect分析或多肽测序，这不是一般实验室都能够做的（即使你是国家重点实验室），而不象Yeast two-hybrid 钓出来的是质粒，DNA容易进一步分析。GST Pull-down的原理和方法并不复杂[具体方法参见泛基诺（FunGenome）功能基因组公司的目录]，但如果没有丰富的经验，你会得到很多非特异性吸附蛋白，要记住：做一个蛋白的Masspect分析，其费用是一个DNA测序费用的100-200倍！实际上国内还没有成熟地开展这方面的工作，尽管有个别单位实验室慷国家之慨花大量经费购置了最新的相关设备。

酵母双杂交的假阳性率还是比较高的。你说的非转录因子间的相互作用，是将膜蛋白与GAL的DNA结合域做成融合蛋白。。。。就这样用完全 artificial 的办法来研究蛋白相互作用，本不在核中的蛋白，在核中研究。所以很多可能在生理上毫无意义的相互作用也是可以被检出来的。