乙腈是一种价格较高的有机溶剂，特别是HPLC级别的乙腈。然而，为什么文献和LC厂家在条件中多使用乙腈呢？下面将对此进行讨论。
乙腈HPLC级别的吸光度较小。在HPLC级别和优级别的乙腈和甲醇中，乙腈的吸光度最小（尤其是在短波长下）。HPLC级别的乙腈是经过去除具有吸收UV的杂质，并且在规定波长下的吸光度限制在规格值以内。因此，在UV检测时，乙腈产生的噪声较小，使其成为进行UV短波长高灵敏度分析的最佳选择。此外，乙腈HPLC级别在UV检测中产生的梯度基线鬼峰较少。虽然其他高水溶性有机溶剂也存在，但很难找到比乙腈HPLC级别吸光度更小的溶剂。甲醇的HPLC级别和优级别虽然光谱差异不大，但优级别无法保证吸光度，可能会产生偏差。考虑到价格相差不大，尽量使用HPLC级别的乙腈。
乙腈的压力较低。根据有机溶剂种类或混合比例的不同，水/乙腈和水/甲醇混合液的比例与输液压力之间存在差异。甲醇与水混合时，压力增加，而乙腈与水混合时并不会出现这种情况。因此，在相同流速下，乙腈不会给柱内增加额外的压力。通过以上两点，可以确认使用乙腈的意义。那么，除了价格以外，甲醇还有其他优点吗？
乙腈的洗脱能力通常较强。当乙腈和甲醇与水按相同比例混合时，一般情况下，乙腈的洗脱能力更强。特别是在低混合比例下，例如对咖啡因和苯酚的洗脱，只需使用甲醇比例的一半以下即可获得相同的保留时间。然而，在有机溶剂浓度为100%或接近100%时，甲醇的洗脱能力常常更强，例如对胡萝卜素和胆甾醇的洗脱。在混合比例为50比1等特殊情况下，调制误差较大，会影响保留时间或平衡时间较长。在这种情况下，可以使用甲醇与乙腈的10比1混合代替乙腈，以方便操作。当溶剂受温度影响时，可以采用重量方法（考虑比重）而不是容器定量，以减小混合比例的误差。
乙腈和甲醇在分离的选择性上有所不同。这是由于有机溶剂分子的化学性质不同（甲醇和乙醇是质子性，乙腈和四氢呋喃是非质子性）。因此，如果使用乙腈无法获得所需的分离选择性，可以尝试使用甲醇。
乙腈和甲醇在峰形上有差异。例如，对于水杨酸化合物（具有羧基或甲氧基的苯酚化合物），使用乙腈时会出现较大的拖尾现象，而使用甲醇可以抑制拖尾。然而，一般情况下，聚合物反相柱相对于硅胶柱具有更宽的峰形，特别是在使用聚苯乙烯分析柱进行芳香族化合物分析时更为常见。这种现象在流动相为甲醇时尤为明显，而在使用乙腈时不明显。因此，在使用聚合物反相柱时建议使用乙腈，因为乙腈可以使凝胶膨润。
在制备混合溶剂时，不仅要考虑在LC装置内进行脱气，还要考虑预先在流动相瓶内进行脱气（等浓度系统）。甲醇与水混合时会产生热量，多余的溶解空气较容易脱出（脱气较容易）。而乙腈由于吸热冷却，随着慢慢回到室温，会产生气泡，因此需要考虑脱气（加温搅拌、过滤膜、He脱气等）。
综上所述，对常用的乙腈和甲醇在反相色谱法流动相中进行了比较。粗略地说，使用HPLC级别的乙腈是最好的选择。在选择性和峰形差异较大时，可以尝试使用HPLC级别的甲醇。然而，根据不同的分析条件和性质，设计合适的分析条件也是必要的。
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