2-氟-5-三氟甲基嘧啶是合成医药的重要中间体，可用于合成稠环二氢呋喃类化合物，这些化合物可作为G蛋白偶联受体GPR119调节剂，用于治疗糖尿病、肥胖症和血脂障碍等疾病。此外，2-氟-5-三氟甲基嘧啶还可作为合成治疗阿尔莫茨海默病和精神分裂症药物的中间体。
目前，已有几种报道的2-氟-5-三氟甲基嘧啶的合成方法：
专利WO2009150240A介绍了一种以2,4-二氯-5-三氟甲基嘧啶为原料，采用锌粉进行还原的合成方法。
该方法的缺点是原料价格昂贵，同时通过实验发现收率非常低，主要原因是锌粉与原料作用会产生氯化锌，在一定温度下氯化锌会使三氟甲基水解，得到2-氯嘧啶-5-羧酸副产物。
专利US20050234046中采用2-氯-5-甲基嘧啶为原料，以四氯化碳为溶剂，用氯化砜进行氯化，得到二氯-5-三氯甲基嘧啶，之后使用五氟化锑进行氟化得到2-氯-5-三氟甲基嘧啶。
另一种2-氟-5-三氟甲基嘧啶的合成方法包括以下步骤：
将5-甲基尿嘧啶、三氯氧磷和五氯化磷混合进行环氯化反应，得到2,4-二氯-5-甲基嘧啶；
将所述2,4-二氯-5-甲基嘧啶和锌粉混合进行还原反应，得到2-氯-5-甲基嘧啶；
将所述2-氯-5-甲基嘧啶和引发剂混合，通入氯气进行氯化反应，得到2-氯-5-三氯甲基嘧啶；
将所述2-氯-5-三氯甲基嘧啶和氟化氢混合进行氟化反应，得到2-氟-5-三氟甲基嘧啶。
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