尿激酶的用法需要特别注意。对于肺栓塞的治疗，初次剂量为每公斤体重4400单位，配制成生理盐水或5％葡萄糖溶液，以90毫升/小时的速度在10分钟内滴完；之后以每小时4400单位的给药速度，连续静脉滴注2小时或12小时。对于心肌梗死的治疗，建议使用生理盐水配制，按照每分钟6000单位的速度通过冠状动脉连续滴注2小时，在滴注前应先静脉给予2500-10000单位的肝素。也可以将本品200-300万单位配制后静脉滴注，滴注时间为45分钟到90分钟。在眼科应用中，尿激酶用于溶解眼内出血引起的前房血凝块，以促使血块崩解，方便手术取出。常用剂量为5000单位，配制成2毫升生理盐水用于冲洗前房。
使用尿激酶可能会出现以下这些不良反应：
1. 可能引起出血。当使用尿激酶剂量较大时，少数患者可能会出现出血现象，轻度出血如皮肤、黏膜、肉眼和显微镜下的血尿、血痰或少量咯血等。严重出血可能会出现大量咯血或消化道大出血，腹膜后出血以及颅内、脊髓、纵隔内或心包出血等。
2. 可能出现头痛、恶心、呕吐、食欲缺乏、疲倦和丙氨酸氨基转移酶（ALT）升高等症状。
3. 可能出现皮疹、支气管痉挛等过敏反应，偶尔会出现过敏性休克。
在使用尿激酶时需要注意以下事项：
1. 在使用过程中需要测定凝血情况，如果发现有出血倾向，应立即停药，并给予抗纤维蛋白溶酶药。溶解后应立即使用，不得用酸性输液稀释，以免药效下降。肝功能损害者的半衰期会延长。
2. 严重高血压、严重肝病及出血倾向者应慎用。
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