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生物医学工程

系统发育树构建时遇到的问题？

想问大家个问题，最近对筛菌得到的32个真菌ITS序列（编号为MEFC）在NCBI上进行blast比对，然后选取相似度较高的序列，并下载其fasta格式的序列。然后直接用MEGA7构建系统发育树。却发现MEFC009,MEFC077,MEFC082,MEFC050等并没有与其相似度高的物种聚在一起，而是单独分开（如下图）。请问：这是什么原因造成的呢？是选取序列时有误吗？还是在构建系统发育树的过程中有误呢？
想问下大家有遇到这种问题的吗，是怎么解决的呢？

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共8个回答

懒癌，销售经理 2019-09-13回答

是不是序列粘贴反了，建议序列反向互补试一下
你好，我把序列反向互补试了，但还是不管用，请问还有其他可能吗

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清欢.，设备工程师 2019-09-13回答

选的序列是那一段吗？会不会选错了？
是那一段，直接从NCBI上比对之后复制的

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笑姬，化验员 2019-09-13回答

是不是序列粘贴反了，建议序列反向互补试一下

12 评论 0 举报

鹊巢.，设备维修 2019-09-13回答

序列相似度最低99%左右，应该不存在粘反的可能
...
这个相似度不会出现单独一个枝的应该是反的你NCBI在比对截图看看

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浪子.，仪表工 2019-09-13回答

或者最好相似度是多少，也有可能是序列反了

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井妹妹，化工研发 2019-09-13回答

是那一段，直接从NCBI上比对之后复制的
...
标准序列一起分析的嘛？有没有标准序列？

8 评论 0 举报

一个爱上马的，给排水工程师 2019-09-13回答

标准序列一起分析的嘛？有没有标准序列？
...
有标准序列的，名字是菌株名的就是标准序列

13 评论 0 举报

占有，化工操作员 2019-09-13回答

或者最好相似度是多少，也有可能是序列反了
序列相似度最低99%左右，应该不存在粘反的可能

15 评论 0 举报

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