次氯酸水在与有机物、细菌、病毒和有害物质接触后，具有强效的除菌作用，并在除菌完成后转化为普通水。因此，次氯酸水在空气中挥发后对人体和动物没有刺激性。多个认证机构证明了次氯酸水对肌肤的低刺激性，并且不含残留化学物质和塑化剂。此外，次氯酸水在国际上已经应用多年，并且得到多个国家的国际使用公告。例如，次氯酸水已于2002年通过了日本厚生劳动省和美国的动物安全性测试，并在日本、美国和韩国等国家通过审议成为安全的消毒除菌用品。美国FDA还将其认证为可食用添加剂，可见其安全性已达到可食用标准。多年的国际应用和相关文献的公开查询证明，次氯酸水对人体和动物的危害可能性极低。
次氯酸水通常用于日常家居消毒、食品保鲜和杀菌等领域。所选用的是弱酸性的次氯酸，它作为人体内白细胞的杀菌因子，消毒后不会留下任何有毒残留物。食品上使用的最大浓度为60ppm，浓度低于此值时无需冲洗。人体本身也会产生次氯酸，当细菌侵入人体内或表皮受损时，白血球会分泌次氯酸，破坏细菌和病毒的细胞壁，使其无法生存。由于与人体机能相同，次氯酸水具有生物相容性，不会对人体造成伤害。
此外，次氯酸水的危害性取决于浓度。当浓度大于500ppm（有效氯浓度）且PH＜3时，溶液呈淡黄色，有刺鼻气味，大量氯气析出，味道异常难闻。当浓度约为200ppm时，溶液呈无色，具有一定的味道，PH在4.5到5.5之间。当浓度小于100ppm时，溶液基本上没有味道，PH大于6，接近于水，消毒效果足够，通常用于家庭。对于这种浓度的次氯酸水来说，对人体是没有危害的，可以放心使用。
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