16S鉴定问题求助？

1492R方向测序没有问题，27F测序遇到套峰，现在选了1-2个样从1492方向合成中间引物继续测，没有套峰了。基本确定样品是什么种属。问题是，如果发表论文以及传序列到Ganbank等，只提供1492方向的测通的没有套峰的测序结果，不提供27F有套峰的测序结果，行不行？测序公司建议继续纯化菌株再重新提取DNA进行PCR和测序，要不要这么做？不做会影响毕业论文和发表论文吗？