在自然界寻找具有药用价值的天然产物或先导化合物一直是天然产物化学的重要研究领域，也是推动该领域不断发展的重要动力。活性天然产物的分离纯化、结构鉴定、结构修饰改造和构效关系研究等，促进了活性天然化合物作用机制和生物学意义的研究。以生物活性为导向的天然产物化学研究将会继续加强以下几个方面的发展：
(1)以传统用药经验与现代药理活性相结合为导向的天然产物化学研究，它是揭开传统药物复杂本质的重要手段。对传统药物化学本质的认识还非常有限，其活性成分的阐明仍然是目前天然产物化学研究的重要内容。
(2)抗生素耐药现象的日益严重，使以抗微生物为导向寻找高效、低毒、广谱、抗耐药的先导化合物依然是天然产物化学研究的重要内容。
(3)以细胞活性为导向的天然产物化学研究越来越受到重视。细胞体系具有必要的复杂性和较强的实验可操作性，能够反映化合物的整体作用效果，可在较大程度上避免活性漏筛现象。如抗肿瘤药物绝大多数是细胞毒活性化合物，肿瘤细胞毒活性跟踪将在以寻找抗肿瘤先导化合物为目的的天然产物化学研究领域继续发挥重要作用。
(4)以新型生物功能大分子尤其是疾病相关功能大分子为作用靶点导向的天然产物化学研究将成为研究的主流。随着分子生物学和分子药理学的发展，以生物功能大分子靶点的作用为导向的天然产物化学研究十分活跃，并且出现了以高通量筛选为导向的天然产物化学研究。随着新型学科的兴起，新的生物功能大分子作用靶点将不断涌现。分子生物学和分子药理学与天然产物化学的结合将为揭示生命本质和生命现象作出巨大贡献，为揭示传统药物的复杂作用机制创造条件。
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