在第一个甲烷单加氧酶的基因序列测定中，发现了一个编码为orfY的小的开放阅读框，但尚未从甲烷氧化细菌中分离出该蛋白。该基因位于mmoZ与mmoC之间，分子量约12kDa，称为MMOD。Merkx在E.coli中对orfY进行了克隆表达，获得了纯的MMOD蛋白，并证实在Bath中存在MMOD。MMOD可能组装在MMO的双铁核心中，通过与MMOH结合调节MMO的活性，对丙烯环氧化反应有一定的抑制作用。将MMOD添加到MMOH中，可使MMOH的UV光谱发生明显变化，证明了MMOD可能组装在MMOH双核铁中心内。
甲烷单加氧酶的定点突变实验
2002年，Callaghan等发表了针对组分B的不稳定性原位突变试验结果。他们发现，由于组分B的N端12个氨基酸水解，导致MMO失活，其中最敏感的氨基酸残基是Ser4-Tyr7。突变这些氨基酸残基后，水解速度明显降低，组分B的稳定性提高；去除这些氨基酸残基后，对MMO的活性产生很大影响，说明这些氨基酸残基对MMO的活性和组分B的稳定性是必需的。这些氨基酸残基发生水解的原因可能是组分B内在的亲质子活性。Brandstetter对Bath菌的MMOB进行突变，发现组分B的N端的Serl-Ala25不稳定，易发生水解，将Gly10突变为Ala，Gly13突变为GIn，Gly16突变为Ala后，水解被抑制。他们使用pkk223-3质粒和E.coliJM105宿主，pET-15b质粒和E.coli BL21宿主进行突变体的表达。
颗粒性甲烷单加氧酶的分子生物学研究
对Bath菌的pMMO基因序列进行了基因测序和克隆表达，发现三个亚基是pMOC、pMOA和pMOB，其基因序列与固氮菌中的氨单加氧酶基因序列非常相似，说明它们在进化中密切相关。Mtrichosporium OB3b和Methylocystis sp. M的全部pMMO基因序列已被克隆，它们由2个相同的单体组成，与氨单加氧酶序列的相似性相当高，有42% ~ 87%的基因序列同一性和58% ~ 95%的氨基酸序列同一性。Stolyar在构建的Bath菌染色体插入突变菌株中发现，pMOC和pMOA亚基是高度疏水性的，pMOB有2个跨膜区，对E.coli宿主具有毒性作用。因此，在异型宿主中表达pMMO可能比较困难，但它的基因序列信息可用作基因探针，用于检测自然界中甲烷氧化菌的存在和多样性。
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