在色谱操作过程中，鉴定器可能会受到固定相流失以及样品中的高沸点成分、易分解物质和腐蚀性物质的影响而被污染，导致无法正常工作。因此，如何清洗鉴定器成为一个问题。如果污染物仅限于高沸点成分，通常可以将鉴定器加热至最高使用温度，然后通入载气进行清除。但是，使用带有放射源的鉴定器时需要格外小心加热，以免超过其使用温度限制。此外，加热温度也不能损坏鉴定器的绝缘材料。
如果加热法不适用，也可以使用纯丙酮等溶剂从进样口注入（每次可注入几十微升）进行清洗，这在污染程度较轻时是有效的。如果以上方法都无法解决污染问题，应将鉴定器卸下进行彻底清洗。首先选择适宜的溶剂，既能溶解污物又不会损坏鉴定器，然后用注射器将溶剂注入测量池进行清洗。如果条件允许，可以使用超声波清洗。需要注意的是，清洗过的部分不能用手触摸。
将丙酮、乙醚、十氢萘等溶剂装满鉴定器的测量池，浸泡一段时间（约20分钟），然后倾出溶液，如此反复进行多次，直到倾出的溶液比较干净为止。如果选用一种溶剂无法洗净，可以根据污染物的性质先使用高沸点溶剂进行浸泡清洗，然后再用低沸点溶剂进行反复清洗。清洗完毕后，加热鉴定器并通入载气冲洗数小时后即可使用。
当污染程度不太严重时，可以不必卸下清洗。此时只需要将色谱柱取下，用一根管子将进样口与鉴定器连接起来，然后通入载气并将鉴定器炉温升至120℃以上，从进样口先注入约20微升的蒸馏水，再用几十微升丙酮或氟里昂等溶剂进行清洗。在此温度下保持1-2小时，检查基线是否稳定。如果仍不满意，可以重复上述操作或卸下清洗。
当污染比较严重时，必须卸下鉴定器进行清洗。先卸下收集极、正极和喷嘴等部件。如果喷嘴是石英材料制成的，先放在水中浸泡过夜。如果喷嘴是不锈钢等材料制成的，可以与电极等一起，小心使用细砂纸（300-400＃）打磨，然后用适当溶剂（如甲醇与苯1：1）浸泡或使用超声波清洗。最后用甲醇洗净，放置于烘箱中烘干。注意不要使用含卤素的溶剂，以免与聚四氟乙烯材料发生反应，增加噪声。
清洗后的各个部件要用镊子取出，不要用手触摸。烘干后装配时也要小心，以免再次污染。装入仪器后，先通入载气30分钟，然后点火升高检测室温度。最好先在120℃保持数小时，然后再升至工作温度。
对于带有放射源的鉴定器，如H3或Ni63，需要特别小心。先拆开鉴定器，用镊子取下放射源箔片，然后使用2：1：4的硫酸、硝酸和水溶液清洗鉴定器的金属和聚四氟乙烯部分。当清洗液变干净时，再用蒸馏水清洗，然后用丙酮洗净，最后放置于约100℃的烘箱中烘干。
对于H3源箔片，先用己烷或戊烷淋洗，绝不能用水洗。废液必须用大量水稀释后才能处理。
对于Ni63源，更要小心，绝不能与皮肤接触，只能使用长镊子操作。先用乙酸乙酯加碳酸钠淋洗或用苯淋洗，然后在沸水中浸泡5分钟，取出烘干，装入鉴定器中。装入仪器后，通入载气30分钟，然后升至操作温度，几小时后备用。清洗剩下的废液要用大量水稀释后才能处理。
根据污染物的性质和鉴定器的特点，可以参照上述三种鉴定器的清洗方法进行清洗。
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