生物医学工程微生物

细菌鉴定 16S rRNA 序列NCBI比对到3个种，怎么确定选那个种?

细菌鉴定 16S rRNA 序列NCBI比对到3个种，两个问题：
1、都是100%，大部分是枯草芽孢杆菌，怎么看这个比对结果？怎么确定选那个种？
2、需要进一步做鉴定的话，再做什么工作？

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共4个回答

趁微风不噪趁，给排水工程师 2020-01-08回答

用27F和1492R引物，PCR产物直接测序，测回来的长度为1369bp，我看许多文章里用这两个。但也有说用27F和1541R，测出来的片段能到1500bp。您一般用那一对引物啊？...
我一般都是27F 和1492，送测之后双向拼接结果比对。不过没遇到过你这种，有很多相似性百分百的。之前有人做菌种鉴定的时候都是16s序列连载体，用载体上的引物测序。因为通常测序获得的前后几十个碱基可能会不准。你也可以用1541试试，祝你好运！

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小四.，机电工程师 2020-01-08回答

做几个持家基因看看

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别了――，设备工程师 2020-01-08回答

你测出来的16S序列是全长么？如果不是，建议扩增后连载体，测全长序列，再比对一下。
用27F和1492R引物，PCR产物直接测序，测回来的长度为1369bp，我看许多文章里用这两个。但也有说用27F和1541R，测出来的片段能到1500bp。您一般用那一对引物啊？

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君踏桃花归，实验员 2020-01-08回答

你测出来的16S序列是全长么？如果不是，建议扩增后连载体，测全长序列，再比对一下。

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