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结构精修问题?

各位老师,在精修H原子的时候大家常采用“riding model"进行精修,我最近有个疑问想请教各位,是否必须使用AFIX约束时才是所谓的“riding model”?比如AFIX 3, AFIX 137等。若没有AFIX约束,仅将H原子的U固定为母原子的1.2或1.5倍(即将U设定为-1.2或-1.5),这样的操作算是"riding model"吗?之所以有这个问题,是因为通过Olex2输出的cif里没有AFIX约束的H其_atom_site_refinement_flags_posn 为R,即riding-atom site attached to non-riding atom(IUCr的解释),而通过shelxle输出的cif里没有AFIX约束的H没有这个R,故在此请教各位老师。以下上图为olex2输出cif,下图为shelxle输出cif。


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共2个回答
年轻人观察的很仔细,建议看看两个软件里ins文件里O3这里的afix的区别。这两个软件活泼氢加氢处理是不一样的。
年轻人观察的很仔细,建议看看两个软件里ins文件里O3这里的afix的区别。这两个软件活泼氢加氢处理是不一样的。
非常感谢lich老师您的回复,我看过您写的很多教程,受益匪浅!据我观察,Shelxle加氢均是通过HFix命令加的,但H2O上的H没法通过HFix加;olex里除H2O外加H均是通过HFix命令加的,H2O上的H我就不知道olex通过什么方式加上的了,但有个规律,配位水均通过AFix 7约束,游离水通过AFix 5约束,Afix 7为"riding model",AFix 5不是,所以问题又回来了,若我直接把Q峰指认为H,U改为-1.2,不加Afix约束,那这属于"riding model"吗?我验证过,olex里属于,cif里是R,而shelxle里不属于,cif里没有R,这让我很不理解,下图是我将氨基H通过Q峰指认的结果,还望老师不吝赐教!

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