棉蚜和棉长管蚜是对新疆棉田产生危害的两种主要蚜虫。棉长管蚜通常不会群集，对棉花产量和品质的影响相对较小。而棉蚜繁殖速度快，会群集并取食棉苗，通过刺吸汁液来消耗棉苗的营养，导致叶片畸形卷曲，分泌蜜露影响光合作用，还可能引发霉污病和传播病毒病。近年来，棉蚜对棉花产量和品质造成了很大的影响。
棉蚜和绵长管蚜在棉花生长过程中的优势种发生了变化。在棉花生长前期，绵长管蚜是优势种，而到了生长中后期，棉蚜上升为优势种。温度是决定优势种的主要因素。当温度超过28℃时，绵长管蚜数量急剧下降，而棉蚜数量则上升。
长期以来，新疆棉田中棉蚜和棉长管蚜与棉铃虫发生重叠期长短的差异导致棉蚜接触药剂的机率或频次较棉长管蚜高3-4倍。因此，在药剂选择压力不同的情况下，棉蚜和棉长管蚜的抗性发展速度存在明显差异，尤其是棉蚜对常规药剂的抗性较高。
吡虫啉和啶虫脒等新烟碱类杀虫剂长期以来一直是棉田防治蚜虫的首选和常用药剂，因为它们作用迅速，杀虫活性高。然而，近年的研究表明，新疆不同地区的棉蚜对吡虫啉和啶虫脒等药剂产生了中等程度及以上的抗性和耐受性。例如，阿克苏地区的棉蚜对吡虫啉的抗性倍数为26.3，达到了中等抗性水平；库尔勒地区的棉蚜对啶虫脒的抗性倍数为44.14，新疆147团的棉蚜对啶虫脒的抗性倍数高达134.4倍。此外，棉蚜对有机磷类和拟除虫菊酯类等多种杀虫剂也产生了不同程度的耐受性和抗性。
根据塔里木大学植物科学研究院2020年的研究，近年来新疆地区对氟啶虫酰胺的使用时间较短，次数较少。然而，棉蚜和绵长管蚜对氟啶虫酰胺的耐受性和抗性都最低，且致死率最高。使用氟啶虫酰胺后的1天内，虫口减退率就可以达到50%以上，7天后减退率更是高达90%以上。因此，氟啶虫酰胺是目前有效控制棉花蚜虫的主要化合物。
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