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如何用perl语言提取dna序列?

如何用perl语言从原序列中提取我想要的序列:原序列:如有编号 >conting00023 GCAGCGACGTCGATCGTAGCTAGCATCGAC,目的序列:如编号 >conting00023,想知道如何提取


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共3个回答
自己可以做个index,用BioPerl Bio/Index/fasta.pm模块 自己可以文档,这个可以把id与序列分开,也可以自己做循环,碰到>开头的一行,保存下来,然后把以后遇到的序列合并到一块,保存起来,直到下次遇到>
虽然不知道你要干什么,还是给你这个吧输入序列的名字>contig08015 length=103 numreads=20可以提取出序列CCTCCGggggggTGGgACAGCCGGgCCGCGATGCGGGCGCGCAGCGCGTCCATCGTGAAG;CCGCGCGGGTCGATCTTCCCCGGCTGCCACTCCAGGTGCCCGA很容易改,你想干什么都可以。#!perluse warnings;use strict;open (O,");my $line = join '',@array;print "please input the name\n";chomp(my $patten = );if ($line =~ /$patten([a-zA-Z]*)>/){print "$1\n";}else{print"no";}close O;
#!/usr/bin/perl -wopen DATA,"result.txt";my %hash;local $/ = ">";#分割符while ( ) {chomp;my ($head,$seq) = split(/\n/,$_,2);next unless($head && $seq);$seq=~s/\s//g;my ($name)=$head=~/^(\S+)/;$hash{$name}=$seq;}close DATA;local $/ = "\n";open DABA, " ) {$name=~s/^>//g;($name)=$name=~/^(\S+)/;print SEQUENCE "$name\t$hash{$name}\n" if(exists $hash{$name});}close DABA;close SEQUENCE;
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