在使用砂芯玻璃滤器之前，需要使用热的盐酸或铬酸洗液进行清洗，然后用蒸馏水冲洗干净。可以正置或倒置用水反复抽洗。
针对不同的沉淀物，可以选择适当的洗涤剂进行溶解，或者反置用水抽洗沉淀物，然后用蒸馏水冲洗干净。最后，在110℃烘干后，将滤器保存在无尘的柜中或有盖的容器中。这样可以避免灰尘和沉淀堵塞滤孔，难以清洗干净。表1－4列出了常用的砂芯玻璃滤器洗涤液。
特殊要求的洗涤方法包括使用蒸汽洗涤。有些实验用仪器要求使用蒸汽洗涤，可以通过在烧瓶上安装一个蒸汽导管，将要洗涤的容器倒置在上面，用水蒸汽进行吹洗。
对于某些痕量分析，仪器洗涤要求非常高，需要洗去ppb级的杂质离子。洗净的仪器还需要在1：1HCl或1：1HNO3中浸泡数小时至24小时，以防止吸附无机离子，然后用纯水冲洗干净。有些仪器甚至需要在几百度的温度下进行烧净，以满足痕量分析的要求。
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