乳酸菌对肠道健康有着积极的促进作用。它可以通过产生有机酸、定殖在肠道细胞表面上等方式，抵抗外来的病原菌，减少坏菌的生存，并降低坏菌产生的毒素，从而使肠道更加健康。
此外，乳酸菌还可以增强免疫功能。它能够促进自然杀手细胞活性、吞噬细胞活性，以及促进血清中IgA、IgM抗体生成、细胞介素的生成等，从而改善人体的专一性与非专一性免疫能力。
乳酸菌还可以调整过敏体质。它可以刺激巨噬细胞的活性，引发后续免疫能力的改变与调节平衡，从而降低过敏的反应。
此外，乳酸菌还具有降低总胆固醇的作用。虽然目前机制尚未明确，但有文献观察到摄取发酵乳制品可以降低总胆固醇的含量。研究推测可能是因为胆固醇与乳酸菌的细胞壁接合后被排出体外，或被乳酸菌吸收利用，使人体无法吸收；另外，乳酸菌还可能降低胆固醇的合成等。
此外，乳酸菌还可能有助于减少癌症的生成。目前有一些推测的机制，包括乳酸菌减少人体肠道内有害物质的吸收、减少致癌前驱物质被相关酵素转化为致癌活性物质的能力、改变肠道内的微生物群落谢活性、乳酸菌将致癌物质分解或与其结合、增加抗突变物质含量、改变肠道内的物化特性等。
此外，乳酸菌还可以增加短链脂肪酸的生成。短链脂肪酸不仅可以作为人体的能量来源，还可以影响肠道细胞的分化与肠道黏膜的发育，同时也为肠道内的好菌提供生长利用的营养物质。
乳酸菌还可能有助于避免肥胖和糖尿病。研究发现肠内的微生物菌相与肥胖有关，而饲喂特定菌株的乳酸菌可以改善肥胖和糖尿病的症状，但具体机制尚未明确。
最后，乳酸菌还可能减少忧郁。研究发现某些乳酸菌菌株可以调节前额叶皮质的多巴胺和血清素系统，减少焦虑症状，有望成为减轻忧郁的优酪乳产品。
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