生物医学工程工艺技术

芯片affyPLM质控，是不是不可以同时对存在批间差的几组样本进行操作?

近日在做一个将3个GEO中的数据集（都是同一平台，affymatrix的）进行合并及后续分析的操作。我懂得批间差的概念，预备用Combat函数去批间差。然而经历了预先的尝试的分析，发现有的芯片质量似乎有偏差，看了文献也发现需要做“质控”，于是我就打算用affyPLM做质控。那么问题来了：质控中NUSE图如下，有些样本似乎是在排除的范畴的。但是我看了下比方说最右侧的一群偏离的样本，发现他们是来源于同一个数据集的，那么是不是说不能对存在批间差的样本同时进行affyPLM的质控，而应分每批次进行质控的考量？

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共2个回答

锦然锦梦，设备工程师 2022-01-01回答

看文献，离散比较多的batch（对应的GEO号）会单独的说明，但是分析的时候可以放一起分析。不知你最后是怎么做的呢？其实我也想知道相同平台下，不同批次样本是不是应该先各自质控之后再汇总，还是汇总之后combat去除batch effects？

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苦苦de甜甜de，化验员 2022-01-01回答

不建议这么做。我相信你硬要一起标准化，总是可以使表达量可比的。但是，试考虑：1.不同GEO的实验设计必然不完全相同（处理条件、试剂、剂量，均不尽相同）。整合之后，仍是两组之间检验，合并分析意义何在？2.即使是NC组合并，不同GEO的NC组中细胞条件也不相同，合并会引进系统误差。如果硬要使用多个GEO，可以尝试：1.取分析结果进行比较（取overlap，还是找差异，都可以）；2.meta分析。

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