质粒双酶切？

我在将质粒进行双酶切时，因为两个酶切位点之间的距离只有几十bp，理论上有两条带，但是那个几十bp根本看不见，另外未被酶切的环形质粒与酶切了的线性质粒大小相差几十bp，几乎无差别，电泳时几乎在同一位置，所以根本无法将酶切后的线性质粒和原来未酶切的环形质粒相分开。这可怎么办呀?不能改变酶切位点，因为酶切位点是在多克隆位点选的，多克隆位点才能进行基因克隆。