有没有工具能够针对某一特定片段（3'UTR）预测与其作用的microRNA？

这个软件倒是真的没有见过，不过你可以把你的序列用RNA22这个软件和一些你认为可能的miRNA预测一下，不过话又说回来，软件预测只是局限于预测，到底有没有你又怎么知道呢，说不定你的突变真的会引起很大的变化，但是在相同的情况下，你共转染你的突变以及3'UTR上的一个突变，到底这2个之间有没有功能还是比较清楚的，所以再预测也只是一种心理安慰。