如何清除RNA样品中的基因组DNA污染? ¹

许多用户在提取RNA时，由于操作或抽提试剂质量问题，导致所得到的RNA样品中存在混杂的基因组DNA污染。即使使用市售的RNase-free的DNase消化DNA，也很难完全清除，而且常常导致RNA降解。为了解决这个问题，可以使用DNAeraser基因组DNA污染清除剂。该清除剂不含DNA酶，可以在强烈抑制RNA酶的条件下彻底清除RNA样品中的污染DNA杂带和蛋白质污染，同时进一步纯化RNA。通过异丙醇沉淀回收的RNA纯度极高，完全不影响原有RNA质量和下游应用。

如何使用DNAeraser清除基因组DNA污染？

每ml试剂可以处理约100μg的RNA样品。根据起始RNA溶液的体积，按比例加入所需试剂。以下操作以100μlRNA溶液为例。如果RNA溶液中的RNA浓度很低，可以用DEPC处理水将不足100μl的RNA样品的体积补充到100μl。

操作步骤：

1. 将100μl的RNA溶液加入1ml基因组DNA污染清除试剂中，充分振荡混匀，冰上放置1分钟。
2. 加入自备的氯仿200μl，充分振荡混匀，冰上放置1分钟。
3. 以12000rpm低温离心10分钟。
4. 取上清约600μl转移到新管。应留下少量上清勿触动中间相，否则重新离心。
5. 可选步骤：加入核酸助沉剂AcrylCarrier（目录号：RN17）2μl，充分混匀。加入核酸助沉剂后RNA特别是低浓度RNA的回收率显著增加，并使RNA沉淀容易辨认。核酸助沉剂不影响RNA及其下游实验。如果原样品的RNA浓度较高，可以省略此步骤。
6. 加入等体积的异丙醇，充分混匀，室温放置5-10分钟。
7. 以12000rpm低温离心10分钟，弃上清。
8. 加入1ml75%乙醇，振荡洗涤沉淀，以12000rpm低温离心3分钟，弃尽上清。
9. 敞开管口，空气干燥RNA沉淀（注意不要干燥过头，否则RNA沉淀极难溶解，但也不能残留太多乙醇，否则会抑制下游反应）。
10. 加入适量的RNasefreewater或DEPC处理水溶解RNA沉淀。使用1%普通琼脂糖凝胶电泳检查RNA。

主要参考文献

[1] 侯俊玲，骆学农，郑亚东，张少华，才学鹏。猪带绦虫Wnt基因家族在不同发育阶段的qPCR分析。《中国动物学会寄生虫学专业委员会第十届全国寄生虫学青年工作者学术研讨会论文摘要集》2016年