甲基化是一种重要的化学反应,它将甲基分子集团贴到蛋白质、DNA和其他分子上。甲基化参与胚胎发育、衰老、肿瘤发生等生理和病理过程,对于维持身体正常运转和健康状态至关重要。
目前,研究人员使用MeRIP-seq(mRNA甲基化测序)方法来研究m6A的转录组。该方法利用m6A特异性抗体对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀,然后对富集下来的RNA片段进行高通量测序。通过生物信息学分析,可以系统研究转录组范围内的m6A修饰。m6A是真核生物mRNA内部序列中最常见的一种甲基化修饰,它可以调节真核生物的转录组,从而影响mRNA的剪接、出核、定位、翻译和稳定。m6A在多种细胞生命过程中发挥作用,包括干细胞分化和生物节律等,同时也参与多种疾病的发生,如肿瘤、肥胖和不育等。
1. 灵活度高:能够直接对任意物种的转录组高甲基化片段进行测序,无需已知的基因组序列信息。
2. 检测范围广:覆盖整个转录组范围的甲基化区域。
3. 精确度高:能够在实际结合位点100-200个碱基范围内精确定位。
4. 数字化信号:直接对甲基化片段进行定量和测序,避免传统芯片杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。
1. m6A甲基化峰分析
2. m6A甲基化峰注释
利用最新的RefSeq数据库,对peak所在位置进行注释,统计不同转录本区域出现peaks的次数。
3. m6A甲基化峰的可视化
m6A甲基化测序结果中的wig文件能够上传到基因组浏览器中,以便进行m6A信号区域的可视化。
[1] 新编老年学词典
[2] mRNA 甲基化测序技术说明书