使得氨基修饰的DNA引物和羧基修饰的染料分子连接之后怎么进行分离呢？

如题所示，我的DNA链因为是从生物公司购买的，量很少，染料分子的分子量也很小，只有300多，使得连接前后分子量差距很小，这终情况下可以使用什么方法进行分离从而鉴定呢？请大家提出宝贵的建议。