大多数生物碱与植物体中的有机酸或无机酸结合成盐的形式存在于某些药材中。为了提取这些生物碱，工业上常使用乙醇或酸水作为溶剂。提取的方法包括冷浸渍法、加热提取法和渗漉法。
冷浸渍法是将药材粉碎后，在常温下用溶剂浸泡，提取其中的有效成分。加热提取法则是在加热的条件下，利用溶剂来浸出药材中的有效成分。
渗漉法是一种常用的提取方法。具体操作是将粉碎的中草药用乙醇溶剂润湿膨胀后，装入渗漉筒中。然后在上层不断地增添同样浓度的新鲜溶剂，使其渗过药材，渗漉液即从渗漉筒下部流出。在渗漉过程中，要注意药材的松紧程度、溶剂的加入速度以及药材上部的溶剂量。
得到的渗漉液经过减压蒸馏回收乙醇溶剂后，剩余物就是生物碱和它的盐以及杂质。将剩余物在稀盐酸中溶解，滤去不溶物，得到生物碱盐酸盐的水溶液。通过加入氯仿等有机溶剂除去杂质后，再加入氨水，使成碱性，就可以析出游离的生物碱。
游离的生物碱一般不溶于水，而溶于有机溶剂，通常用氯仿提取后再回收氯仿，即得生物碱粗制品。如果药材中含有多种生物碱，它们都沉淀下来，则粗制品是多种生物碱的混合物，叫做总碱。总碱经过分离精制后，就能得到各别的生物碱精制品。
中草药中的生物碱也可以用稀酸水提取，得到生物碱盐的酸性水溶液。加碱中和后，再用有机溶剂提取。使用酸性水作为溶剂虽然价廉易得，但水溶性杂质较多，精制较难，并且在浓缩时某些生物碱还可能水解等，因此有一定缺点。
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