NF-KB非活性形式是与IKB结合存在于细胞浆，活化后二者分离NFKB核转位，起到转录因子作用。因而，免疫组化虽然能够显示亚细胞定位，但靠数阳性细胞率则很难说明问题。而且免疫组化存在较高假阳性和阴性。
western blot是研究蛋白表达的经典方案，通过提取细胞核蛋白，能够准确反映NFKB的核转位情况，从而反映活性形式的变化。如果提细胞总蛋白，那只能反映蛋白表达情况，对一般蛋白表达适用。但NFKB这样特殊的蛋白，必须提取核蛋白才有说服力。另外，免疫组化相比western blot的优势在于细胞定位。但NFKB则很少做免疫组化，一个原因是western，另一个原因可能是由于多数细胞都有NFKB的细胞浆非活性形式存在吧，很难区分开来。
