我有一个真核表达载体,包含一个Iba1启动子,来源于巨噬细胞的特异性基因Iba1,因此是个组织特异性的启动子,用来控制GFP的表达。启动子的结构见图1,其中加框部分是外显子序列。载体的结构见图2。载体的构建人说,这个载体的开放阅读框起始是Iba1基因自身的ATG,也就是图1里面Exon1内部加了下划红线ATG,GFP的起始密码ATG也是在一个读码框内。因此,这个载体最后表达GFP蛋白,并且N端融合了Iba1的外显子编码的17个氨基酸。我在做自己的目的基因表达载体时,把这个启动子用EcoR I和Hind III酶切了出来,克隆到了另一个载体里面,然后发现我目的基因的ATG和Iba1外显子1的ATG不在一个读码框里面了,也就是说我目的基因的ATG到Iba1的ATG中间是179个碱基。现在,我的问题是:
1.这个启动子后面直接是自身基因的第一个外显子,第一个内含子,和第二个外显子的一部分,相当于是基因组来源的序列。当被克隆到表达载体的时候,在真核细胞里面,内含子部分的序列仍然能被剪切掉?不被翻译成蛋白序列?2.在我克隆的载体里面,目的基因的ATG和启动子自身基因的ATG不在一个读码框,这个载体还可能表达我的目的基因吗?也即有没有可能启动密码变成我目的基因的ATG?3.内含子序列含有一个TAA,为什么这个TAA不会被当做终止密码子?4.为什么图1里面起始密码子ATG在Exon1的内部?ATG前面加框的是什么结构呢?