从前文的引用文字中可以看出，贝干担心的是，"要素"一词意义模糊，他指出，该词既可以指知识基础（即认识论层面），又可以指自然实体的一般构成组分（本体论层面）。方特纳尔用不同的方式将认识论与本体论联系在一起。在对化学和物理学的讨论中，他基于认识论原则认为，物质实体的具体性质需要还原至最小可能数目的离散的本体要素。来自法国南部城市蒙彼利埃的医生和化学家加百利·弗兰索瓦·费内尔为狄德罗的《百科全书》撰文"化学"来回应方特纳尔对化学所做的具有贬低意味的思考，费内尔认为方特纳尔对化学领域存在偏见。他将这种感觉转化成对物理学家的傲慢的猛烈抨击，这有点类似于最近化学家针对把量子力学看作是化学现象唯一合法解释的霸权主义思想进行的反抗。根据费内尔的观点，化学家不太关心物质本质这样的终极问题，而更加关心诸如"是什么给了王水溶解黄金的能力"这样的问题。他们的注意力集中在物质及其转变所表现的特定性质上，而不是有关物质结构的问题。在费内尔看来，"没有任何实体仅仅是物质而已"。事实上，导致物质具有某些化学性质的特质，比如酸性、可燃性，等等，是与构成物质的要素形成一体的，物质要素可以将这些性质从一个混合体带入另一个混合体。化学家们可以用这个理论来解释性质的传播或循环流通，而同时也能保留物质守恒这一基本概念。因而，费内尔提出的是对任何给定实体所表现出来的某些特性的一个实质性诠释，而很显然方特纳尔支持的观点是，由某种独特而统一的物质构成了所有事物的物质性，并产生其现象结构。
被方特纳尔认为非常有魅力而被费内尔认为非常恼人的物理学精神只不过是笛卡儿的统一的、均质化的物质理论，是物质纯粹在长度、宽度和深度上的延展，并由上帝赋予运动的状态。这种物质概念与某形而上学紧密相连，把这一概念从笛卡儿的《哲学原理》（Principles of Philosophy）中的第一部分移至第二部分可以说明这一点。然而，尽管物质的概念的确使得哲学家们可以从几何学的角度对物理学进行概念化并揭示运动规律，但是概念本意并非为表观现象世界提供任何直接的解释，更不用说解释化学反应了。
谈到这一点，笛卡儿的确曾试图在著作《哲学原理》的最后两部分提供一个包括化学现象和世界形成在内的大自然总哲学，然而并未提及实体的特质。其实，他的目标是从组成世界的均质性物质的多样化的广延形状和运动角度去解释实体的所有现象性质，而化学家则通常将实体的这些现象性质归因于实体的构成要素。在《哲学原理》的第4部分，笛卡儿呈现了一幅假设的关于化学反应物构成的画面，他要表达的思想与上帝创造的统一物质通过内部涡系的不同而彼此区分的思想是一致的。涡系运动产生的摩擦随着时间推移将物质分成三个种类：组成太阳和星星的发光物质；由形成天空的圆而小的粒子组成的透明物质；以及组成不透光躯体的物质，即组成地球表面的较大的不规则粒子。笛卡儿的"三元素"只是在大小和形状上彼此不同，意味着世界上所有的事物，比如土、水、火和空气，都是由同一物质的三种独特构型组成。因此，亚里士多德元素学说中的元素既不是物质的原始构成组分，也不是真正意义上的元素，或者说并非不可再分。笛卡儿将元素设想为物质世界的历史产物，是地质化学产物，如同所有其他化学物质一样，于他而言，元素只是独特的均质性物质的不同构型，而没有资格宣称具有任何特殊的本体地位。
经过上述讨论之后我们产生一个印象，即我们在前面讨论的原子论和亚里士多德物质理论之间的对立只是转移到了费内尔对元素或要素说的辩护与笛卡儿的形状和大小可变的均质物质观之间的对立上。物质或者具有内在差别，或者是均质、统一的，前者假设要素或元素是物质性质的不可再分的承载者，而后者则认为相同的性质会因所述物质形状和运动状态不同而产生二级的特质或者副现象。
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