很明显，量子力学的发展使得用量子理论解释化学方法成为可能，但还原论方法的历史已经存在很久。还原论认为一门科学（如化学）可以还原为更基础的科学（物理学）。还原论的核心概念是科学之间存在等级性，衍生科学从化学开始，逐级传递至人类科学。与将人类心理学还原至神经科学的尝试相比，化学与物理学的简化尝试更早开始。1669年，巴黎皇家科学院的本纳德·方特纳尔进行了比较：
通过化学操作将实体分解成有形要素，如盐、硫磺等。物理学通过推测将原理分解为更简单的原理，而化学将实体分解为更小的实体。化学的精神更加混杂、密集，而物理学的精神更加清晰、简单，直达事物的起源，而化学精神并不通向事物的终点。
方特纳尔的比较仍然具有参考价值。事实上，许多科学家利用类似的论证来合理化物理学和化学之间的划分。化学的目的是提供物质转变的原理，而物理学致力于揭示大自然的基本定律。从科学哲学的角度看，化学家们面临着选择：接受物理学统治的科学世界中的次等地位，或者抵抗邻邦科学的帝国主义野心。这种两难境地在科学哲学中存在。
然而，这并不是科学哲学问题的唯一呈现方式。化学家们开始界定化学自身的关于物质的危机，并开始发展与化学实践相关的伦理责任的理解。化学家们为自己的特定哲学领域划定界限，与物理学家的传统和关注点不同。
1
