水合氯醛在医学上有广泛的应用，常用于治疗小儿高烧、破伤风等疾病。然而，尽管该药物具有一定的毒性，但对于小孩的使用，是否会对身体产生不良影响，一直是家长们关心的问题。
水合氯醛被用于治疗小孩的精神紧张，具有镇静作用。使用该药物后，不会对孩子的大脑发育和智力产生影响，因此在医生的指导下使用是安全的。作为催眠药和抗惊厥药，水合氯醛的催眠剂量可以在30分钟内诱导入睡，具有温和的催眠作用，不会缩短REM睡眠，并且没有明显的后遗作用。其催眠机理可能与巴比妥类似，能够引起类似于生理性睡眠的状态，没有明显的后作用。
水合氯醛还可以用于治疗市面，适用于入睡困难的患者。作为催眠药，短期使用是有效的，但连续服用超过两周则失去了效果。此外，在麻醉前、手术前、CT及磁共振检查以及睡眠脑电图检查前使用水合氯醛，可以起到镇静和解除焦虑的作用，使相应的处理过程更加安全和平稳。此外，它还可以用于治疗癫痫持续状态。
然而，个别患者在服用水合氯醛后可能会出现一些不良反应，例如对胃黏膜有刺激，容易引起恶心和呕吐。大剂量使用可以抑制心肌收缩力，缩短心肌不应期，并抑制延髓的呼吸和血管运动中枢，对肝脏和肾脏有损害作用。偶尔还会出现过敏性皮疹和荨麻疹。长期使用水合氯醛可能会导致依赖性和耐受性的产生，突然停药可能会引起严重的撤药综合症，如神经质、幻觉、烦躁、异常兴奋和震颤等症状。
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