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细菌DNA提取试剂盒的原理和应用? 1

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细菌DNA提取试剂盒采用独特的离心吸附柱和缓冲液系统,能够高效、专一地提取细菌基因组DNA。离心吸附柱中采用的硅基质材料具有高效吸附DNA的特性,可以去除杂质蛋白和其他有机化合物,从而提取出高纯度、高质量的基因组DNA。使用该试剂盒提取的DNA片段大,稳定可靠,适用于各种常规实验操作,如酶切、PCR、文库构建和Southern杂交等。

该试剂盒提供了一种快速简单的方法,可以从各种来源的细菌培养液中提取基因组DNA。一次处理小于3ml正处于指数生长期的细菌培养液(约1x10^9细菌)。该试剂盒采用独特的DNA吸附柱纯化方式,可以在60分钟内同时处理一个或多个样品。纯化过程不需要使用酚氯仿抽提或异丙醇/乙醇沉淀等耗时的步骤。纯化后的DNA产物可以直接用于PCR、酶切和杂交等实验。一次提取可以得到10-30μg高质量的基因组DNA。此外,该试剂盒还可以提取除基因组以外的遗传物质,如质粒、Cosmid和BAC等。

该方法利用溶菌酶和玻璃珠共同作用来裂解细菌细胞壁,高效回收DNA。对于大多数细菌,只需使用溶菌酶即可。提取过程包括从正处于指数生长期的细菌培养液中收集细菌,经溶菌酶去除细胞壁,蛋白酶消化细胞,然后使用HiBind硅胶柱结合DNA,经过两次快速洗涤,最后将DNA溶解在灭菌水或低盐缓冲液中。

细菌DNA提取试剂盒的应用

松辽黑猪肠道内容物及粪便总DNA提取方法对比研究及其盲肠微生物多样性分析研究

本研究以松辽黑猪为研究对象,利用PCR-DGGE和实时定量PCR技术比较了5种提取方法的有效性,并研究了六神曲复合益生菌饲料添加剂和抗生素对松辽黑猪仔猪生长性能及其盲肠微生物多样性的影响。

研究结果表明,5种提取方法提取松辽黑猪仔猪盲肠内容物和粪便中总DNA的有效性存在明显差异。其中,QIAamp?DNA Stool Mini Kit提取得到的DNA纯度、得率和所反映的微生物多样性最高,最适合用于松辽黑猪盲肠内容物和粪便中总DNA的提取和微生物多样性分析。TIANamp Stool DNA Kit和SDS高盐提取法提取得到的DNA纯度、得率和所反映的微生物多样性较低;索莱宝粪便基因组DNA提取试剂盒和TZ裂解液提取法提取得到的DNA纯度和得率最差,微生物多样性最低,不适合用于肠道微生物总DNA的提取。

此外,研究还发现松辽黑猪仔猪盲肠内容物的微生物群落结构和组成与粪便中存在明显差异。粪便中的微生物丰富度高于盲肠内容物。盲肠内容物和粪便中的微生物主要属于厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)。实时定量PCR结果表明,盲肠内容物和粪便中的微生物群体数量也存在差异。因此,在研究肠道微生物时,了解盲肠内容物和粪便中微生物群落结构的差异对动物的防病和促生长具有指导意义。

参考文献

[1] Yang Lu, Philip Hugenholtz, Damien John Batstone. Evaluating DNA Extraction Methods for Community Profiling of Pig Hindgut Microbial Community. PLoS ONE. 2015.

[2] Ilseung Cho, Shingo Yamanishi, Laura Cox. Antibiotics in early life alter the murine colonic microbiome and adiposity. Nature. 2012.

[3] Hengameh Mirsepasi, S?ren Persson, Carsten Struve, et al. Microbial diversity in fecal samples depends on DNA extraction method: easyMag DNA extraction compared to QIAamp DNA stool mini kit extraction. BMC Res Notes. 2014.

[4] DeLong EF. Archaea in coastal marine environments. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 1992.

[5] 孙盛. 松辽黑猪肠道内容物及粪便总DNA提取方法对比研究及其盲肠微生物多样性分析[D]. 吉林大学, 2016.

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