Cy5是一种活性染料，属于常见的红色荧光团。这些多功能荧光团可以耐受3-10的pH范围，用于生物相关pH的各种应用，比如应用在荧光成像和其他基于荧光的生化分析。
Cy5用于标记生物分子：
Cy5激发波长(nm)649,发射波长(nm)670。另外，它的荧光（EX：667nm）处在大多数仪器的检测范围内，所以它是常见的荧光标记化合物。可用于标记肽、蛋白质和寡核苷酸中的氨基，这种染料在标记反应中需要使用少量的有机助溶剂(如DMF或DMSO)。该染料还具有DMSO耐受性和光稳定性，能够在不损失性能的情况下从储存转移至分析。
Cy5用于荧光活体成像：
活体成像技术因其可以在近无创条件下对活体组织或小动物体内的生物学行为进行成像跟踪，目前活体成像主要采用荧光成像与生物发光成像两种技术。
荧光成像技术是采用特定的荧光蛋白（绿色荧光蛋白、红色荧光蛋白等）或外源性荧光基团（如Cy染料、量子点、镧系元素）进行标记，在特定波长的光源照射下释放出光子，从而产生发光。
光穿透深度较大：可避开很多物质都有吸收的可见光区，吸收的近红外光在生物组织中的穿透深度较大。尤其是在700～900nm的范围中，水和血红蛋白的吸收都很少，近红外光可以深入组织内部多达15cm。
背景值低，激发的荧光受生物组织本底的影响较小。
