氟苯尼考是一种广谱抗菌素，对革兰氏阳性菌和阴性菌都有很好的抑制效果。因此，在疾病频发的情况下，许多猪场会频繁使用氟苯尼考来预防或治疗猪病。
氟苯尼考的作用机理和抗菌谱与氯霉素和甲砜霉素相似。它能与细菌的70S核糖体的50S亚基结合，抑制酞酰基转移酶，从而干扰蛋白质的合成。氟苯尼考的结构中的F原子取代了氯霉素和甲砜霉素中丙烷链3碳位置上的-OH基团，阻止了细菌乙酰转移酶在此位置上的乙酰化作用，因此不受该酶的影响而被灭活。与氯霉素和甲砜霉素不同的是，氟苯尼考不会产生类似的质粒介导的耐药性，而且对许多氯霉素耐药菌株仍然敏感。
氟苯尼考通过脂溶性可弥散进入细菌细胞内，主要作用于细菌70S核糖体的50S亚基，抑制转肽酶，使肽酶的增长受阻，从而阻止蛋白质的合成，达到抗菌的目的。该药物对革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌和支原体均有强效。
氟苯尼考适用于防治猪的气喘病、传染性胸膜性肺炎、萎缩性鼻炎、猪肺疫、链球菌病等引起的呼吸困难、体温升高、咳嗽，打呛、采食量下降、消瘦等症状。它对大肠杆菌等引起的仔猪黄白痢、肠炎、血痢、水肿病等也有效。
对于禽类，氟苯尼考可用于防治由大肠杆菌、沙门氏杆菌、巴氏杆菌等引起的霍乱、雏鸡白痢、拉稀、顽固性腹泄，黄白绿便，水样粪便、下痢、肠道粘膜点状或弥漫性出血、脐炎、包心、包肝，以及细菌、支原体等引起的慢性呼吸道病、传染性鼻炎气囊混浊，咳嗽，气管咯音，呼吸困难等症状。
此外，氟苯尼考对鸭的传染性浆膜炎、大肠杆菌、绿脓杆菌等也有明显的疗效。
氟苯尼考与新霉素、盐酸多西环素、硫酸粘杆菌素、萝力素等配伍可以增强疗效。
与氨苄西林、头孢拉定、头孢氨苄等配伍会降低疗效。
与卡那霉素、链霉素、磺胺类、喹诺酮类配伍会增加毒性。
与VB12配伍会抑制红细胞的生成。
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