分子筛的脱水原理基于其微孔结构对水分子的选择性吸附。水分子是极性分子，而分子筛的孔壁由硅氧四面体和铝氧四面体构成，这些四面体的电荷分布不均匀，导致孔壁表面带有一定的极性。因此，水分子可以被分子筛的孔壁吸附，并在孔内形成氢键。当含有水分子的气体通过分子筛时，水分子会被分子筛的孔壁吸附，而其他分子则无法进入分子筛的微孔中。这样，水分子就被从气体中分离出来，从而实现脱水的目的。
此外，分子筛脱水还利用吸附剂的平衡吸附量随温度升高而降低的特性，采用常温吸附、升温脱附的操作方法，实现不同气体的分离。
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