生物医学工程

两个蛋白是调控还是相互作用？该如何解释?

求助各位大神，本人在实验中发现，过表达某基因A后另一基因蛋白B表达下降，而之前曾发现用siRNA下调A基因时，B蛋白表达是上升的。。。这样的结果暗示什么呢？是A对B有调控还是A和B之间有相互作用呢？
简单说下背景，蛋白A和B同为产生X物质的酶，之前认为下调A后，B的上升是一种代偿性升高的反馈。。。如果从调控这个角度，该如何解释？
本人查了蛋白质相互作用数据库，发现A和B在相互作用的网络图中，那么难道这也可以用相互作用来解释？？不明白这些原理，所以另外很困惑的问题就是，如果两个蛋白是相互作用的，那么A蛋白的上升或者下降会引起B蛋白的表达呈何种变化？有规律吗？各种困惑啊。。。求大神们指点~~一起交流

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共3个回答

旧识南风初识，机修 2019-03-10回答

我先解答一下哈，不知道对不对
背景是蛋白A和B同为产生X物质的酶，根据你的实验结果，overexpression A 导致 B蛋白下降；而降低A的表达，B蛋白表达升高，通过这个实验结果证明不了A对B有调控作用，因为B不是A的下游，根据你解释的背景，它们是处在一个水平中。
如果你想探讨说明相互作用（拮抗或者协同），让A过表达后，需要同时检测B的含量及靶蛋白的含量，
如果A过表达后，（1）B的含量下降，而靶蛋白的含量上升，则可以认为是拮抗的；（2）B的含量基本不变，而靶蛋白的含量升高，则可认为A蛋白对B蛋白无影响；（3）B的含量升高，靶蛋白含量升高，则认为A蛋白与B蛋白是协同作用的。
如果下调A的表达，则出现与上述相反的结果。
我看的文献中，一般没有检测二者蛋白的相互作用，一般是探讨以某个蛋白为指标，探讨其上游和下游的通路。
我不知道你具体的研究目的是什么，以你现在的实验结果，只能说明是一种反馈调节吧。

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贤惠，副矿长 2019-03-10回答

1.这样的结果，暗示A蛋白的表达量会影响B蛋白的表达量。完全没有证据表明A和B具有相互作用。A蛋白可能会调控B蛋白的表达，但是是直接的还是间接的，到底中间通过了多少其他的蛋白，不好讲。2. 你认为是代偿性的升高的话，不管是代偿还是其他原因，最后都可以落实到具体的分子机制上。可以下调A的时候，同时上调X物质，看看B的表达。从调控的角度，你可以提出假设，A蛋白对B蛋白的表达起到负调控的作用，那么可以做两个事情：1）做浓度梯度 2）找到A通过C调控B（间接调控），找到C 或者看A和B是否相互作用（直接调控）本人查了蛋白质相互作用数据库，发现A和B在相互作用的网络图中，那么难道这也可以用相互作用来解释？？首先，此类网站不靠谱，如果硬扯，几乎任意俩蛋白都能扯上关系。
第二，在一个网络里，得看离得都近。是直接接触还是在同一个蛋白复合体里面，这两个都不满足的话，那就不是相互作用了，就是信号通路调控了。
不明白这些原理，所以另外很困惑的问题就是，如果两个蛋白是相互作用的，那么A蛋白的上升或者下降会引起B蛋白的表达呈何种变化？有规律吗？
这个要分情况分场合，因为B的变化有可能是弥补A的变化也有可能是配合B的变化，而且基本上很难是直接受到A的调控，蛋白表达量的变化：1）转录翻译水平变化 2）蛋白稳定性降解等等变化 3）蛋白细胞亚定位变化
给你的建议是做coIP，直接用实验给出一个较为明确的答案。

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Zj，工艺专业主任 2022-06-23回答

很简单 realtime做下mRNA定量；mRNA水平差异大你还做什么互作

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