BOC-酸酐是化工、医药行业中常用的医药中间体、保护剂和氨基酸试剂等，对于这些行业有着重要的贡献。
BOC-酸酐可用作医药及有机合成中的中间体，是合成医药和农化产品时的重要氨基保护剂。
在有机合成中，BOC-酸酐用于引入叔丁氧羰基保护基团。
BOC-酸酐用于引入叔丁氧羰（BOC-酸酐）保护基团，特别适用于氨基酸的氨基保护。广泛应用于医药、蛋白质及多肽合成、生物化学、食品、化妆品等多种产品的合成中。
1、通过与柠檬酸的分解可以去除部分BOC-酸酐，但无法完全去除，会有残留。
2、柱分离可以将其他杂质除尽，BOC-酸酐会在柱子上被分解掉。
3、由于BOC-酸酐的极性较小，可以用石油醚冲洗去除，也可以在溶剂存在的情况下蒸发掉。这也是BOC-酸酐广泛应用的原因之一。
另外，采用柠檬酸洗是为了防止BOC-酸酐脱掉，因为BOC-酸酐对酸敏感，用盐酸容易脱掉，而用水无法洗净BOC-酸酐。
4、将产物浓缩至无溶剂，然后加入正己烷进行分液，再用正己烷洗几遍即可。在碱性条件下，可以用浓度为3:1的PE/EA溶液进行萃取，然后酸化水相进行产品萃取。也可以在加入N,N-二甲基乙二胺搅拌后，用稀酸水洗除去BOC-酸酐。
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