不同缓冲溶液虽然有相似之处，同时也存在差异，主要体现为以下几点：
（1）缓冲溶液应用的酸碱度环境有差异：硼酸盐缓冲溶液和Tris-HCl缓冲溶液较适合在碱性环境中使用，而磷酸盐缓冲溶液和HEPES缓冲溶液则多数情况下适宜运用在pH值为6.8~8.2左右的弱酸性、弱碱性或接近中性的环境中；
（2）缓冲溶液组成有差异：硼酸盐缓冲溶液、Tris-HCl缓冲溶液及磷酸盐缓冲溶液一般是由两种物质配置而成，而HEPES缓冲溶液则是由一种物质配制；
（3）缓冲溶液发挥缓冲作用的原理有一定差异：硼酸盐缓冲溶液、Tris-HCl缓冲溶液及磷酸盐缓冲溶液靠体系中缓冲对的电离或水解平衡移动来发挥缓冲作用，而HEPES缓冲溶液则是靠体系中平衡转化关系来发挥缓冲作用；
（4）缓冲溶液发挥作用的侧重方面不同：如同是在生物药相关方面的应用，磷酸盐缓冲溶液在固体药物释放研究中应用较多。而硼砂缓冲溶液多用于液体药物如滴眼液中。Tris-HCl缓冲较多用于蛋白质、DNA等生物大分子的溶液体系中。而HEPES更侧重应用于脂质体、细胞水平的相关生化实验研究中；
（5）缓冲溶液在稳定性方面各显利弊：
①Tris-HCl缓冲溶液pH值受外界影响较大，一般现用现配。同时需要注意Tris是一级脂肪胺，分子结构中的氨基易与醛类化合物发生缩合反应，是一些生化实验的抑制剂。
②硼酸盐缓冲液有一定毒性，不宜用做注射液或者口服液的缓冲液。
③虽然磷酸盐缓冲溶液稳定性很好，但磷酸根具有一定的络合能力会抑制一些与金属离子有关的生化反应。
④HEPES缓冲溶液是较理想的生物缓冲剂，但其有多种生物学效应，如：缩短血液凝固时间、减缓平滑肌收缩频率以及阻断细胞膜上的阴离子通道等，在一定程度上会影响患者身体状态，使用时应需注意。
