甲基绿是具有金属光泽的绿色微结晶或亮绿色粉末。溶于水，显蓝绿色。稍溶于乙醇，不溶于戊醇。盐酸中显红黄色，在氢氧化钠中无色,甲基绿—为碱性染料,它分别能与细胞内的dna、rna结合呈现不同颜色。 其混合液为紫红色染色原理：(1)真核细胞的dna主要分布在细胞核内，rna主要分布在细胞质中。 (2)甲基绿和吡罗红两种染色剂对dna和rna的亲和力不同，甲基绿对dna亲和力强，使dna显现出绿色，而吡罗红对rna的亲和力强，使rna呈现出红色。用甲基绿、吡罗红的混合染色剂将细胞染色，可同时显示dna和rna在细胞中的分布。吡罗红，即吡罗红g,又名派洛宁,吡罗红使rna呈现红色,常用于检测细胞中rna的分布,与甲基绿一起混用甲基绿—派洛宁 （methyl green-pyronin）为碱性染料，它分别能与细胞内的dna、rna结合呈现不同颜色。当甲基绿与派洛宁作为混合染料时，甲基绿与染色质中dna选择性结合显示绿色或蓝色；派洛宁与核仁、细胞质中的rna选择性结合显示红色。其原因可能是两种染料的混合染液中有竞争作用，同时两种核酸分子都是多聚体，而其聚合程度有所不同。甲基绿易与聚合程度高的dna结合呈现绿色。而派洛宁则与聚合程度较低的rna结合呈现红色（但解聚的dna也能和派洛宁结合呈现红色）。即rna对派洛宁亲和力大，被染成红色，而dna对甲基绿亲和力大，被染成绿色。
