用什么软件可预测基因编码蛋白质其氨基酸构成及相对的功能，及突变以后其功能改变?

polyphen, sift啊。http://genetics.bwh.harvard.edu/pph2/dbsearch.shtml
输入RS号或者其他坐标，直接就能预测出来是良性还是致病性，同时有比对图，一般保守区的往往是致病，而在可变区的就是良性。http://sift.jcvi.org/ ：主要是通过蛋白结构来预测。一般带S的氨基酸突变后，往往致病。同时他会根据疏水，亲水性进行判断。