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用重叠延伸PCR技术的方法怎么也连接不起来两个片段,怎么办?

请问各位高手,我需要将1000多和2000多的两个片段连接起来,用重叠延伸PCR技术的方法怎么也连接不起来?(重叠碱基23个)总是扩增出1000多的杂带,没3000多的目的片段,原因可能是什么?希望大家给予指点!谢谢!


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共4个回答
首先,把1000多和2000多的两个片段变性后(如果能分离出单链,可能效果更好),不加两端引物进行PCR然后,再加1000多的上游引物和2000多的下游引物进行PCR(第一次那产物可能不需要太多,杂质多了PCR影响大。由于PCR指数扩增,模板量少在这里不是问题)当然,你用的所有试剂要有保证,比如要高保真的要扩增效率高的酶,一般的Taq酶work不了的...另外,重叠区23bp的Tm与退火温度要相应调整,如果能加长一点可能更好...每一个具体的实验,可能具体参数会有不同...
可以考虑外切酶III,能达到同样的效果,而没有pcr的烦恼
23bp我觉得确实还是有些勉强,尤其你的片段长,如果能排除别的问题,增加几个碱基更好啊
在做重叠延伸PCR时,要注意一个关键的问题,如果你用Taq酶话,会在扩增产物的3‘端多一个A尾,如果你其他条件都没问题的话,就要考虑一下是不是这个A尾影响了碱基配对的问题,可以换用平末端酶(如pfu酶)一试。
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