蛋白酶是一类水解蛋白质肽链的酶，根据水解多肽的方式可分为内肽酶和外肽酶。内肽酶在蛋白质分子内部切断多肽，而外肽酶在蛋白质分子末端水解肽键。根据活性和最佳PH值，蛋白酶又可分为天冬氨酸蛋白酶、金属蛋白酶、巯基蛋白酶和丝氨酸蛋白酶。此外，蛋白酶还可根据酸碱性分为酸性、中性和碱性。
蛋白酶的种类繁多，据Guidechem资料，仅不同Cas号的蛋白酶就有60余种。内肽酶在工业上的应用最为广泛。
蛋白酶广泛存在于动植物和微生物中，工业上常通过微生物发酵生产。胃蛋白酶主要用于缺乏胃蛋白酶的患者，改善消化不良等症状。胰蛋白酶可水解细胞间蛋白质，用于细胞分离和医学应用，如消化辅助、痰液和血凝块分解、伤口愈合等。
在实际应用中，配置胰蛋白酶溶液时需注意选择不含钙离子和镁离子的溶液，以保持活性。不同组织对胰蛋白酶的反应强度也不同。
除了胰蛋白酶，霉菌蛋白酶、细菌蛋白酶和植物蛋白酶常用于烘培工业，通过断开面筋细胞形成网状，增加面筋弹性，并提供碳源促进面团发酵。
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