农村生活污水中所含的病原菌、病毒、寄生虫卵等可通过大气传播，造成危害；由于出水含氮、磷、硫含量高，在厌氧作用下易产生恶臭物质，污染大气环境；如果用量太大，会发生反应，产生H2S等有害气体，使得水污染更严重。在污水可以回用之前，必须首先减少水中最有害的污染物。
农村生活污水可回用于农业用地灌溉，并已通过土壤微生物培养系统进行了部分净化，但随着污水的渗透，还是会出现不同程度的地下水源污染。主要由于土壤质地、成分、渗透性、体积的差异造成。因此，靠近水源的农村生活污水需要采用更高的处理标准。
农村生活污水中含有丰富的氮、磷等营养物质，可作为某些微生物的营养物质，引起微生物种群和群落的变化，甚至快速繁殖。同时，氮、磷也是植物生长所必须的元素，所以用于灌溉的生活污水并不需要去除氮、磷元素。
农村生活污水处理工程中使用的一体化污水处理设备大多可以达到至少B级出水，甚至满足农村生活用水需求。然而，利用处理后的污水灌溉农田的潜在问题很难通过设备解决，生活污水作为资源利用化还有很长的路要走。
