随着水流的运动，水中的漂浮物、推移质等不断地向尼龙闸门集中，贴附于门体或卡阻于门槽内，影响尼龙闸门的正常运行，或造成漏水，或加快尼龙闸门的腐蚀，所以尼龙闸门该须随时进行检查清理。
尼龙闸门槽、门库和门枢等部位，常会被树木、钢丝、块石或其他杂物卡阻，影响尼龙闸门正常运行，甚至酿成事故，应及时进行检查清理。对浅水中的建筑物，可经常用竹篱、木杆进行探摸，利用人工或借助水力进行清除。
尼龙闸门门体上不得有油污、积水和附着水生物等污物。启闭机检修时，应避免废油落于门体上，卷筒和钢丝绳上多余的润滑脂应刮除干净，防止夏季融化滴落到尼龙闸门上。严禁向尼龙闸门上倾倒污水垃圾等污物。
有条件的，可在门槽、门库上部设置简易启闭机房或防护盖，转动尼龙闸门门盖座的上方可设置混凝土挡坎拦截砂石和杂物。
