差异基因的选择标准是什么?

1、差异基因可以用p值来选，有时候可以加上fold change来控制，一般使用1.5倍或者2倍，也可以设更高。不知道你两个样本怎么计算的p值，我也做过这种read是的计算p值的方法，未必和你的一样。你可以用这个p值的。但p值的使用不能简单用0.05，需要用FDR校正后的值。2、没用过GO的话建议你直接用现成的软件，而不是自己去做。有很多现成的免费的GO富集网站和软件，自己去搜吧。还有n多收费的，如genespring，IPA。还可以去看看转录因子富集分析，或者用GSEA，简单漂亮而且效果不错。如果是新手，建议你找个师傅带，否则难。