基因甲基化是一种表观遗传修饰方式，通过甲基转移酶家族在胞嘧啶C5位上转移甲基，形成5-甲基胞嘧啶。这种修饰通常发生在富含CpG碱基的CpG岛上，并导致基因表达的稳定沉默。每个甲基化位点的状态由局部的DNA甲基转移酶、DNA去甲基化酶的活性和DNA转录效率决定，并受到表观遗传修饰网络的调控。为了探测全基因组范围内的甲基化状态，可以使用甲基化DNA免疫共沉淀测序技术，该技术通过抗5-甲基胞嘧啶抗体特异性结合DNA5-甲基胞嘧啶的方式，富集全基因组中的DNA甲基化区段，并进行高通量测序。
基因甲基化作为一种重要的表观遗传修饰策略，在原核生物、动物、植物等多种生物的基本生物学过程中发挥着重要作用。它通过稳定染色质结构、调控基因表达和参与基因重组等方式影响生物体的功能。在真菌中，DNA甲基化可能参与形态建成、逆境胁迫和次级代谢过程。目前，研究人员主要使用甲基化敏感扩增多态性（MSAP）技术来分析基因组范围内的甲基化状态变化，该技术利用同尾酶Hpa II和Msp II对CCGG序列中的胞嘧啶甲基化反应的不同。
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