转录组测序是一种利用新一代高通量测序技术对组织或细胞中所有mRNA进行测序研究的方法。通过转录组测序及分析技术，可以深入挖掘新基因、发现低丰度转录本、绘制转录图谱、调控可变剪切、确定代谢途径、鉴定基因家族及进行进化分析等。该技术已经在生物学、医学、农学等领域得到广泛应用，并成为生物学发展最快的测序技术之一。
除了在个体材料中的应用，转录组测序也逐渐扩大到自然群体和遗传群体的材料中，包括发育调控、环境适应、免疫互作和表观调控等方面的研究。随着测序技术的不断发展，三代测序技术的出现以及转录组测序分析结果的不断完善，未来转录组测序在高等植物中的应用将更加广泛。
对于那些没有参考基因组的新物种，denovo转录组测序可以通过分析策略帮助研究人员快速获取该物种的mRNA序列，并预测可能的非编码RNA。此外，denovo转录组测序还可以获得cSNP，从而提供全面的转录组信息。以兜兰为例，通过denovo转录组测序服务，研究人员对同色兜兰、带叶兜兰以及两个栽培品种进行了测序，并发现了与单独开花行为有关的转录因子。同时，还找到了大量可用于分子标记的EST-SSR和引物SSR，为兜兰开花与花的发育的分子机制提供了一定的了解。
[1]转录组测序在高等植物中的研究进展
[2]LiuS,RaoXJ,LiMY,etal.IdentificationofcandidatechemosensorygenesintheantennaltranscriptomeofTenebriomolitor(Coleoptera:Tenebrionidae).CompBiochemPhysiolPartDGenomicsProteomics.2015,13:44-51.
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