目前市面上常用的碳源：甲醇、乙酸、乙酸钠、葡萄糖、复合碳源及生物碳源等。在使用过程中，需要根据实际工程情况选择合适的碳源。现对各种常用的碳源进行对比：
1. 甲醇
甲醇作为外碳源具有运行费用低和污泥产量小的优势，反硝化速率相对葡萄糖较快；但属危险品，易燃易爆，不利于储运和使用安全，且具有一定的毒性，不建议长期使用。
2. 乙酸
使用乙酸在脱氮效果上与乙酸钠类似，但乙酸易挥发，储存条件要求较高。
3. 乙酸钠
乙酸钠作为碳源具有反硝化响应速度快的优势，一般用于应急使用；但乙酸钠产泥量大，会增加污泥处理费用，且价格较高。
4. 葡萄糖
葡萄糖作为碳源易被微生物吸收利用，但容易引起细菌的大量繁殖，导致污泥膨胀，使用导致污泥产量大，同时也会影响出水COD。
5. 复合碳源
市面上复合碳源成分不同，选择时需要精细挑选，IDN-C复合碳源有助于难降解废水的生化系统快速启动，脱氮效率高，并且系统很稳定；但该复合碳源是液体，较远距离的运输成本较高。
