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mate-pair/pair-end insert length 如何设计?

请问一下比如说我上一次assembly之后的contigs的平均长度为25K,我希望再做一次mate-pair/pair-end sequencing,那么这个insert length应该做多长的比较好呢?


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Mate-pair文库制备旨在生成一些短的DNA片段,这些片段包含基因组中较大跨度(2-10 kb)片段两端的序列,更具体地说:首先将基因组DNA随机打断到特定大小(2-10 kb范围可选);然后经末端修复,生物素标记和环化等实验步骤后,再把环化后的DNA分子打断成400-600 bp的片段并通过带有链亲和霉素的磁珠把那些带有生物素标记的片段捕获。这些捕获的片段再经末端修饰和加上特定接头后建成mate-pair文库,然后上机测序
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