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用Rnase R消化RNA之后逆转成cDNA, 再跑qPCR时内参怎么选择?

本人做环状RNA,最近购买了RNase R (epicentral)欲验证环状RNA耐受其消化作用,但试剂买回来没有具体的使用说明,从文献上查到大致是每ug RNA加3U RNaseR 37°c处理15min.但是一直有一问题没搞明白,用Rnase R消化RNA之后逆转成cDNA, 再跑qPCR时内参怎么选择?如果仍然选GAPDH或者β-actin,在用RNase处理组中GAPDH,β-actin明显已被Rnase R消化。


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共5个回答
After treatment5% C. elegans total RNA was spiked-in followed by phenol-chloroform extraction of the RNA mixture. For controls the RNA was mock treated without the enzyme.
 不知分两组RNA是否可以,一组不消化,一组消化相同时间,以不消化的RNA为内参
 我买的也是epicentre的RNase R,说明书上写每1ugRNA用1U(1个单位)的RNase,37℃ 10min。有个同学按照这个步骤做,做出来结果很理想,就是线性的明显降低,而环状RNA变化不大。具体做法如下:RNase(-)组和RNase(+)组都用RNase(-)组的GADPH作为内参。而我自己做的结果是,线性的RNA降低十分明显,但是环状RNA的结果居然上升了(起峰循环数提前了3个循环,用的是Takara的试剂盒)。目前考虑可能是RNase R buffer里面还有含有Mg2+,这个会增强PCR反应。不知道你们有没有遇到过这种情况。
RNase R消化一般是用来做环状RNA鉴定的,环状RNA定量的话用总RNA吧,定量引物设计在环状RNA的接头处,内参照样用线状的内参就可以啦
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