氧化沟的反应池进水后并运行启动使用潜水推流器。连续进水直到氧化沟中的水位到达设计的有效水深1/3处时，需要将接种的污泥均匀的放入到氧化沟反应池的水池中，采用潜水曝气的系统开始给水池曝气，同时不断的进水直到氧化沟反应池中的水位到达设计使用运行的水位(采用转刷式或者转碟式曝气的系统,在此时应该开始运行曝气)，在污泥接种完成以后的不断进水的过程中不断的增加曝气气量直到曝气量达到极限。
氧化沟水位到达设计使用运行水位后，不断进水到二沉池里面。当二沉池进水有2个小时以后，开始启动沉淀池的桥式刮泥机和安装在水池上的污泥回流泵，使二沉池中活性污泥不在沉淀，在污泥驯化开始的时候能快速地被收集，并迅速的回流到生物处理的水池中。
污泥回流率应该通过去观察回流的污泥情况来进行适当的调整，一般的情况下污泥的回流比例，要控制在50%~之间的数据。
当二沉池达到正常使用运行的水位时，应该去观察活性污泥的现状如何，此时控制进水量，一直到出现絮状物为模糊不清时，此时可以适当添加水量，换新水以及补充水里的营养物，换的水量能控制到氧化沟水池容的25%以内，需要重复以上的操作。当二沉池的水开始满出时，应该启动后续的污水处理的工艺，如下一道工序，起到消毒的工艺。
在生物处理水池的水位到达正常运行使用的水位以后，应该随时监督氧化沟中的溶解氧(DO)的浓度值(一般是通过溶解氧测定仪来检测)，以此数据来判定水下的曝气量是否足够，因此要作出适当的调整。在水池中活性污泥驯化的过程中，水池溶解氧的浓度应该能满足下面三个方面能发生的情况下：
(1)进水量和回流的污泥中的溶解氧浓度比较低时;需要增加水池的充氧量；
(2)进水的时候缺氧，必须要有足够的溶解氧来将其迅速的改变成充氧量适当的环境；
(3)当污水中的营养物质是丰富的时候，就需要有大量的溶解氧来满足水中的微生物生长。
在水池中的污泥驯化过程中，溶解氧低的浓度应该保证在氧化沟出水口的地方溶解氧的浓度不要小于1.0mg/L。
在水池中活性污泥驯化阶段中，因为活性污泥的浓度比较低，在水池曝气的过程中应该会产生许多的泡沫，在现场的实际操作的时候，应该采取对应的处理方法，如果选用喷洒水滴的方式等措施去除水上的泡沫。
